1. Echeneidae Rafinesque 1810
2. Echinasteridae Verrill 1870
3. Echinolampadidae Gray 1851
4. Echinometridae Gray 1855
5. Echinorhynchidae Cobbold 1879
6. Echinostomatidae Looss 1899
7. Echinothuriidae Thomson 1872
8. Eimeriidae Minchin 1903
9. Eirenidae Haeckel 1879
10. Elaeagnaceae de Jussieu 1789
11. Elaeocarpaceae de Jussieu 1816
12. Elateridae Leach 1815
13. Eleotridae Bonaparte 1835
14. Elephantidae Gray 1821
15. Ellisellidae Gray 1859
16. Ellobiidae L. Pfeiffer 1854 (1822)
17. Elmidae Curtis 1830
18. Emberizidae Vigors 1831
19. Embiotocidae Agassiz 1853
20. Emmelichthyidae D.S. Jordan 1923
21. Emydidae Rafinesque 1815
22. Endocladiaceae (J. Agardh) Kylin 1928
23. Engraulidae Gill 1861
24. Enidae B.B. Woodward 1903 (1880)
25. Enterobacteriaceae Rahn 1937
26. Ephemeridae Leach 1817
27. Ephippidae Bleeker 1859
28. Epilampridae Brunner von Wattenwyl 1865
29. Epiphanidae Harring 1913
30. Epitoniidae Berry 1910 (1812)
31. Epizoanthidae Delage & Hérouard 1901
32. Equisetaceae Michaux ex de Candolle 1804
33. Ergasilidae Burmeister 1835
34. Ericaceae de Jussieu 1789
35. Erinaceidae G. Fischer 1814
36. Eriphiidae MacLeay 1838
37. Erotylidae Latreille 1802
38. Esocidae G. Cuvier 1817
39. Esperiopsidae Hentschel 1923
40. Estrildidae Illiger 1811
41. Eucalanidae Giesbrecht 1893
42. Euchlanidae Ehrenberg 1838
43. Eucoilidae Thomson 1862
44. Euconulidae Baker 1928
45. Eudendriidae L. Agassiz 1862
46. Euglenaceae
47. Eulimidae Philippi 1853
48. Eumenidae
49. Eunicidae Savigny 1818
50. Euphausiidae Dana 1852
51. Euphorbiaceae de Jussieu 1789
52. Euphylliidae Alloiteau 1952
53. Euplectellidae Gray 1867
54. Eurhamphaeidae L. Agassiz 1860
55. Eurytheneidae Stoddart & Lowry 2004
56. Eurytomidae Walker 1832
57. Exocoetidae Risso 1827